继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：哈里森·福特 海伦·米伦 布兰登·斯克莱纳 Rowdy Knight 詹妮弗·卡朋特 Mathieu Caviness Demetrius Joseph 达伦·曼恩 Ernest Marsh Duane Michaels 詹妮特·蒙哥马利 Bob Pack 奥古斯图斯·珀如 Daniella M Reyes 塞巴斯蒂安·罗奇 Santana Trigo 丹尼尔·瓦斯诺娃 佩蒂·布林德利 Ross Caudill Jr. 克里斯托弗·科森
热度：4257°C
演员：Kyle Warren Xavier De Salaberry 菲奥娜·道里夫 Arkie Kandola 塔兰·凯勒姆 汤姆·奥斯汀 朱恩·卡里尔 Ariana Guerra Eric Gustafsson 伊丽莎白·玛维尔 阿兰·乌伊 扎克瑞·S·威廉姆斯 罗伯特·维斯多姆 Jesse James Baldwin 丹尼尔·库德摩尔 杰西·弗雷泽 西德妮·莱蒙
热度：3080°C
演员：阿兰·里奇森 玛丽亚·斯坦 索妮娅·卡西迪 约翰尼·贝希托尔德 Roberto Montesinos 奥利维尔·里希特斯 布莱恩·泰 安东尼·迈克尔·豪尔 丹尼尔·戴维·斯图尔特 Caitlin McNerney 西蒙·诺斯伍德
热度：1664°C